Riziko malárie se na většině území nevyskytuje, riziko existuje pouze v severovýchodní části země v nízko položených oblastech severní a Mpumalanga Provinces hraničící s Botswana, Zimbabwe a Mozambique včetně národního parku Kruger, a podél pobřeží Natal na sever od řeky Tugela. Vysoké riziko: nížiny na severu a východě severních provincií a na východě Mpumalanga (národní park) pobřeží na severovýchodě KwaZulu-Natal (okres Ingwavuma a Ubombo), zvláště v období děšťů; průměrné riziko: zbývající oblasti nížin na východě KwaZulu Natal až na jih k 29° (Tugela - povodí) a příhraniční oblasti s vysoce rizikovými oblastmi nízké riziko: především v období sucha (červenec-říjen). Poznámka: Osobám plánující navštívit národní park Kruger se doporučuje antimalarická profylaxe během vysokého rizika v období od října do května.
Dominující období výskytu: leden-prosinec
A. funestus: Komáři ve volné přírodě; líhnou se ve sladkých vodách e sluncem osvětlených močálech, velkých řekách a na okrajích travnatých potoků. Napadají člověka v noci, většinou uvnitř příbytku; přebývají uvnitř lidských obydlí.
A. gambiae: Komáři v dosahu lidského obydlí; líhnou se v kalužích na slunci, ve vodě ve zvířecích stopách, v kalužích poblíž lidského obydlí, v umělých rezervoárech. Napadají člověka většinou uvnitř příbytku; vrchol jejich útoku na člověka je od 2,00 do 4,00 ráno; přebývají v tmavých místech obydlí i venku.
Incidence malárie způsobené parazitem Plasmodium falciparum (nejnebezpečnější forma malárie pro člověka): 99% a incidence malárie způsobené ostatními třemi parazity (Plasmodium vivax, ovale a malariae); benigní forma malárie: 1%
Malárie vyvolaná P.falciparum je rezistentní k léčbě s chloroquinem a sulfadoxin-pyrimethaminem se objevuje ve všech malarických oblastech této země.
Profylaxe:
Cestovatelům při organizované cestě, ubytování v hotelu, se doporučuje antimalarická profylaxe (mefloquin, atovaquon/proguanil nebo doxycyklin) ve vysoce rizikových oblastech včetně národního parku Krüger v období říjen-květen. V období od června do září ve vysoce rizikových oblastech nebo ostatních oblastech celoročně lze profylaxi nahradit jen pohotovostní (stand-by) léčbou (mefloquin, atovaquon/proguanil nebo artemether/lumefantrin).
U ostatních cestovatelů v případě vysokého rizika malárie se doporučuje antimalarická profylaxe (mefloquin, atovaquon/proguanil nebo doxycyklin). Je-li riziko průměrné je možné zvážit buď antimalarickou profylaxi (mefloquin, atovaquon/proguanil nebo doxycyklin) nebo jen pohotovostní (stand-by) léčba s antimalariky (mefloquin, atovaquon/proguanil nebo artemether/lumefantrin). Stejná pohotovostní léčba je vhodná i v případě nízkého rizika expozice malárie.